Шепетівська єпархія була утворена 31 травня 2007 року шляхом виділення зі складу Хмельницької.

Рішенням Священного Синоду Української Православної Церкви (Журнал № 59) до Шепетівської єпархії відійшли такі адміністративні одиниці Хмельницької області: місто Нетішин; райони - Білогірський, Ізяславський, Полонський, Славутський, Теофіпольський та Шепетівський.

Преосвященні єпархії отримали титул «Шепетівський і Славутський».

Першим правлячим архієреєм було призначено клірика Володимир-Волинської єпархії архімандрита Никодима (Горенка) із возведенням його в сан єпископа. Архієрейська хіротонія відбулася 4 червня 2007 року в Трапезному храмі Свято-Успенської Києво-Печерської Лаври.

10 червня 2007 року рішенням Священного Синоду УПЦ (Журнал № 63) Преосвященного Никодима було переміщено на Володимир-Волинську кафедру, а єпископом Шепетівським і Славутським призначено клірика Чернігівської єпархії намісника Спасо-Преображенського Новгород-Сіверського чоловічого монастиря архімандрита Володимира (Мельника).


Архієрейська хіротонія була звершена 11 червня 2007 року в Успенському соборі Свято-Успенської Києво-Печерської Лаври.

На момент утворення Шепетівська єпархія складалася із 174 парафій, тут несли пастирське служіння 117 священиків, діяло два жіночих і один чоловічий монастир.